Pored kontinuiranog osuvremenjivanja proizvodnih kapaciteta Munja se opredijelila i za uvođenje sustava upravljanja, zaštite zdravlja i okoliša, pa je u tom cilju i učinila značajan iskorak u dobivanju certifikata:
ISO 9001:2000 Sustav upravljanja kvalitetom
ISO 9001:2008 Sustav upravljanja kvalitetom
ISO 14001:2004 Sustav upravljanja zaštitom okoliša
OHSAS 18001:2007 Sustav upravljanja zdravljem i sigurnošću na radu.